Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara (UMSU) adalah amal usaha dibawah persyarikatan Muhammadiyah yang berasas Islam dan bersumber pada Al-Qur’an dan Sunnah  yang didirikan di Medan pada tanggal 27 Februari 1957 yang berkedudukan di kota Medan Propinsi Sumatera Utara. Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara, didirikan atas prakarsa beberapa tokoh ulama Muhammadiyah, diantaranya: (a) H. M. Bustami Ibrahim, (b) D. Diyar Karim, (c) Rustam Thayib, (d) M. Nur Haitami, (e) Kadiruddin Pasaribu, (f) Dr. Darwis Datuk Batu Besar, (g) H. Syaiful U.A, (h) Abdul Mu’thi dan (i) Baharuddin Latif.

Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara (UMSU) sebagai lembaga pendidikan tinggi yang terbuka, memiliki komitmen serta peran aktif mencerdaskan bangsa. Dalam pengelolaan manajemennya berupaya mengembangkan perguruan tinggi yang memenuhi kriteria dan standar penyelenggaraan proses belajar mengajar pada berbagai wacana keilmuan, keterampilan dan ke-Islaman berdasarkan filosofi penyelenggaraan dan pengembangan institusi pendidikan tinggi Muhammadiyah. Mengedepankan kompetensi kelulusan dalam menghasilkan kader-kader bangsa yang unggul, cerdas dan terpercaya.

Fakultas Pertanian UMSU didirikan pada tahun 1977 dengan tiga jurusan yaitu Sosial Ekonomi Pertanian (SEP), Agronomi (AGR) dan Proteksi Tanaman yang dikukuhkan dengan Piagam Pendirian Perguruan Tinggi Muhammadiyah Nomor 018/III-SU77/79 tanggal 06 Ramadhan 1399 H bertepatan 30 Juli 1979 yang dikeluarkan oleh Majlis Pendidikan Pengajaran dan  Kebudayaan Pimpinan  Pusat Muhammadiyah. 

Pada tanggal 22 Januari tahun 1981 status TERDAFTAR untuk Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian (SEP) disahkan dengan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan R.I. Nomor 017/0/1981. Kemudian pada tanggal 29 Nopember 1984, Jurusan Budidaya Pertanian (BDP) dan Hama Penyakit Tumbuhan (HPT) memperoleh status TERDAFTAR dengan Keputusan Mendikbud Nomor 0607/01/1984.

Seiring dengan perubahan kebijakan pemerintah yang meniadakan peringkat status perguruan tinggi swasta dari status konvensional seperti selama ini (dengan memakai peringkat terdaftar, diakui dan disamakan) dan kemudian menggantinya dengan model akreditasi (terakreditasi dan tidak terakreditasi), maka Fakultas Pertanian UMSU telah mengikuti program akreditasi tersebut pada tahun 1998/1999.

Kemudian pada tahun akademik 1998/1999 semua program studi di Fakultas Pertanian UMSU telah TERAKREDITASI sesuai keputusan BAN-PT Depdikbud R.I No. 001/BAN-PT/Ak-I/VIII/1998 tanggal 11 Agustus 1998 untuk Program Studi Agronomi, Nomor 020/BAN-PT/Ak-IV/VIII/2000 untuk program studi Hama dan Penyakit Tumbuhan, Nomor 024/BAN-PT/Ak-IV/IX/2000 untuk program studi Teknologi Hasil Pertanian dan Nomor 022/BAN-PT/Ak-IV/VIII/2000 untuk Program Studi Sosial Ekonomi Pertanian dimana semua program studi tersebut memperoleh status akreditasi B.

Setelah lima tahun berikutnya diadakan reakreditasi untuk keempat program studi, ternyata memperoleh hasil yang cukup menggembirakan dimana semua program studi memperoleh nilai akreditasi B dari BAN PT melalui Surat Keputusan BAN PT Depdiknas RI Nomor 12/BAN-PT/Ak-VII/S1/IV/2004 dan Nomor 026/BAN-PT/Ak-IX/S1/I/2006.

Berdasarkan keputusan Dirjen Dikti Departemen Pendidikan Nasional R. I. No.: 163/DIKTI/KEP/2007 tentang penataan dan kodifikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi maka Program Studi Agronomi dan Ilmu Hama dan Penyakit Tanaman menjadi Program Studi Agroekoteknologi (AET), Program Studi Agrobisnis/Sosial Ekonomi Pertanian menjadi Agribisnis (AGB) dan Program Studi Teknologi Hasil Pertanian menjadi Ilmu dan Teknologi Pangan (ITP). Untuk Fakultas Pertanian UMSU penataan Program Studi tersebut berlaku efektif mulai Tahun Akademik 2009/2010. Dengan berkembangnya Fakultas Pertanian Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara menjadi tuntutan bagi sivitas akademik untuk membuka Program Pascasarjana di bidang Ilmu Pertanian. Magister ilmu Pertanian terbentuk untuk menjawab kebutuhan pasar yang membutuhkan program studi pada jenjang magister yang mengakomodir tiga bidang ilmu yaitu agroteknologi, Agribisnis, dan teknologi hasil Pertanian.